時(shí)間:2023-03-09 10:56:07
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1ATP合成需要的酶是ATP合酶還是ATP合成酶
1961年,國際生物化學(xué)和分子生物學(xué)命名委員會(huì)(NC-IUBMB)依據(jù)酶催化反應(yīng)類型,把酶劃分為氧化還原酶類、轉(zhuǎn)移酶類、水解酶類、裂合酶類、異構(gòu)酶類和連接酶類共六大類。NelsonDL等指出合成酶類催化使用ATP或其他能量來源,將兩個(gè)分子連接在一起的縮合反應(yīng)。與合成酶相比較,合酶催化的縮合反應(yīng)不需要任何核苷三磷酸作為能量的來源[1]。ATP主要是在氧化磷酸化和光合磷酸化的過程中產(chǎn)生。氧化磷酸化過程中的呼吸鏈起質(zhì)子泵作用,把質(zhì)子泵出線粒體內(nèi)膜之外側(cè),造成膜內(nèi)外兩側(cè)間跨膜的電化學(xué)勢(shì),跨膜電化學(xué)勢(shì)能被膜上的F1F0ATP復(fù)合體利用,催化ADP和Pi合成ATP[2]。光合磷酸化過程中光照引起水的裂解,水釋放的質(zhì)子留在類囊體腔中,釋放的電子在傳遞過程中將類囊體膜外側(cè)質(zhì)子泵入內(nèi)側(cè)。這樣,膜內(nèi)側(cè)質(zhì)子濃度高而外側(cè)濃度低,當(dāng)H+沿著濃度梯度返回膜外側(cè)時(shí),在CF1F0ATP復(fù)合體催化下形成ATP[3]。從以上機(jī)制可以看出,F(xiàn)1F0ATP復(fù)合體和CF1F0ATP復(fù)合體催化底物ADP和Pi縮合為ATP,所需能量來自于質(zhì)子電化學(xué)梯度而非其他任何核苷三磷酸。因此,氧化磷酸化和光合磷酸化過程中催化ATP合成的酶是ATP合酶。
2ATP合成需要的酶是否都是ATP合酶
ATP還可以在糖酵解過程中通過底物水平磷酸化產(chǎn)生。底物水平磷酸化是指底物被氧化時(shí),形成了某些高能磷酸化合物,這些化合物通過酶的作用再將高能磷酸基轉(zhuǎn)移給ADP生成ATP[2]。那么催化磷酸基團(tuán)轉(zhuǎn)移的是什么酶呢?朱圣庚等指出能夠在ATP和任何一種底物之間起催化作用、轉(zhuǎn)移磷酸基團(tuán)的一類酶稱為激酶[4],如肌酸激酶能催化磷酸肌酸的磷?;D(zhuǎn)移給ADP生成ATP等。綜合以上ATP合成的主要生理過程,ATP合成相關(guān)的酶可以分成兩大類:一類隸屬于NC-IUBMB建議的轉(zhuǎn)移酶類中第7亞類(轉(zhuǎn)移含磷基團(tuán)),這類酶通過轉(zhuǎn)移磷?;鶑囊粋€(gè)化合物(供體)到另一個(gè)化合物(受體)。酶的命名是在其催化的供體或受體后加上“激酶”二字,如肌酸激酶;另一類是F型ATP合酶,隸屬于NC-IUBMB建議中水解酶類的第6亞類(作用于酸酐鍵)。F型ATP合酶利用H+順著化學(xué)梯度流經(jīng)質(zhì)子泵時(shí)釋放的能量驅(qū)動(dòng)合成ATP,如前面提到的線粒體氧化磷酸化和葉綠體光合磷酸化作用,因此F型ATP合酶實(shí)質(zhì)就是ATP合酶[5]。
3ATP利用需要的酶是否都是ATP酶
NC-IUBMB建議每一個(gè)酶都被給予兩個(gè)名稱,一個(gè)為系統(tǒng)名,一個(gè)為慣用名。慣用名一般采用底物加反應(yīng)類型來命名,如ATP水解酶等。對(duì)于水解酶,人們還習(xí)慣省去反應(yīng)類型,直接用底物來表示,即ATP水解酶又稱為ATP酶。酶在發(fā)揮作用時(shí),可以催化可逆反應(yīng)的雙向進(jìn)行。F型ATP合酶的主要功能是驅(qū)動(dòng)ATP的合成和釋放。但它在體內(nèi)特殊的條件下,可以反過來水解ATP。這時(shí)候F型ATP合酶就“蛻變”為ATP酶[6]。即上文提到的F型ATP合酶實(shí)質(zhì)也是ATP酶。另外,根據(jù)“激酶”定義,當(dāng)化學(xué)反應(yīng)轉(zhuǎn)移的磷酸基團(tuán)來自于ATP,而酶的命名根據(jù)基團(tuán)轉(zhuǎn)移的受體來命名時(shí),由于受體是多樣的,該過程對(duì)應(yīng)的酶名稱也就是多樣的;再如前面提到的合成酶類(或連接酶類)也可能利用ATP。綜上所述,與ATP利用有關(guān)酶的種類很多,在教學(xué)時(shí)不能一概而論說成是ATP酶。
4ATP都是通過簡單水解提供能量嗎
朱圣庚等指出某些需ATP供能的過程確實(shí)涉及ATP的水解。例如肌肉收縮、酶沿著DNA或核糖體沿著信使RNA的移動(dòng)等[4]。通過ATP簡單水解為生命活動(dòng)提供能量的實(shí)質(zhì)是ATP分子中遠(yuǎn)離腺苷的磷酸苷鍵在酶的催化下,吸熱斷裂,形成的磷酰基與水分子中的—OH基團(tuán)形成的HOPO32-再與2個(gè)H+結(jié)合形成Pi,該過程中放熱,可用于需要能量的反應(yīng)[7]。ATP利用過程中,最主要的方式是ATP分子中的一部分,如磷?;紫缺晦D(zhuǎn)移到底物分子或酶中的一個(gè)氨基酸殘基上,共價(jià)地與底物或酶連接,以提高其自由能含量;然后在第二步中,第一步被轉(zhuǎn)移的含磷酸部分被置換,產(chǎn)生Pi[4]。綜上所述,ATP的利用過程只有少數(shù)涉及需要水直接參與的簡單水解,大多數(shù)是不需要水參與而是通過直接轉(zhuǎn)移磷?;o底物或酶的部分基團(tuán)。
5細(xì)胞利用ATP時(shí)轉(zhuǎn)移的基團(tuán)是否都是磷酰基
朱圣庚等指出ATP的反應(yīng)一般是SN2親核取代。ATP的三個(gè)磷酸中的每一個(gè)都對(duì)親核攻擊敏感(圖1),每個(gè)攻擊位點(diǎn)產(chǎn)生不同類型的產(chǎn)物。對(duì)γ磷酸基團(tuán)的親核攻擊置換出ADP;對(duì)β磷酸基團(tuán)的親核攻擊置換出AMP,并把焦磷酸酰基轉(zhuǎn)移給攻擊中的親核試劑;對(duì)α磷酸基團(tuán)的親核攻擊置換PPi,并以腺苷?;男问睫D(zhuǎn)移出腺苷酸[4]。由此可見,ATP利用時(shí)轉(zhuǎn)移的基團(tuán)包括磷酰基、焦磷?;拖佘挣;?,且每種情況下的基團(tuán)轉(zhuǎn)移均產(chǎn)生較大的自由能負(fù)值從而偶聯(lián)吸能化學(xué)反應(yīng)的發(fā)生。
6螢火蟲發(fā)光與ATP的利用
螢火蟲發(fā)光需要細(xì)胞提供大量的能量。由于教材中只提到ATP與ADP相互轉(zhuǎn)化。因此有人認(rèn)為螢火蟲發(fā)光需要的能量來自于ATP末端磷?;D(zhuǎn)移。事實(shí)是這樣的嗎?NelsonDL等指出螢火蟲體內(nèi)的熒光素經(jīng)酶促反應(yīng)活化,活化時(shí)ATP斷去PPi形成熒光酰腺苷酸。在分子氧和熒光素酶存在的條件下,熒光素經(jīng)歷了多步氧化脫羧過程而變成氧合熒光素,這個(gè)過程伴隨著發(fā)光[1]。從能量釋放的角度看,磷酸?;D(zhuǎn)移釋放的能量大約為46KJ·moL-1。產(chǎn)生的PPi被無機(jī)磷酸酶水解時(shí)還能釋放19KJ·moL-1的能量。因此,螢火蟲發(fā)光轉(zhuǎn)移的是腺苷?;尫诺氖荘Pi,通過該機(jī)制能釋放更多的能量,以滿足發(fā)光對(duì)能量的高需求。
7ATP是否能作為DNA復(fù)制的原料
ATP的結(jié)構(gòu)如圖1所示,細(xì)胞內(nèi)DNA分子的合成以4種脫氧核苷三磷酸(dATP,dTTP,dCTP,dGTP)作為原料,在DNA聚合酶的催化下,dNTP中α位化學(xué)鍵斷裂形成的脫氧核苷一磷酸(dNMP)被加到核苷酸鏈的3'OH末端,同時(shí)釋放出PPi。細(xì)胞是先合成核糖核苷酸,然后在核苷酸還原酶的作用下把核糖核苷酸還原為脫氧核苷酸?;诖耍腥苏J(rèn)為ATP能在核苷酸還原酶的作用還原成dATP作為DNA復(fù)制的原料。事實(shí)真是這樣的嗎?楊榮武指出人體細(xì)胞中廣泛分布的核苷酸還原酶是NDP還原酶,其催化的化學(xué)反應(yīng)如圖2所示[6]??梢钥闯?,該酶催化的底物是核糖核苷二磷酸,產(chǎn)物是脫氧核苷二磷酸。另外,朱圣庚等也指出核糖核苷酸是在核糖二磷酸的水平被還原的,NDP是反應(yīng)的底物。ATP、dATP、dGTP、dTTP是還原酶的變構(gòu)效應(yīng)物[4]。在細(xì)胞能量狀態(tài)較高的情況下,ATP可以打開還原酶活性,同時(shí)促使CDP或UDP轉(zhuǎn)變成dCDP或dUDP,dUDP再進(jìn)一步形成dTTP。當(dāng)dTTP上升到一定濃度時(shí),促使底物GDP發(fā)生轉(zhuǎn)化,即GDP→dGDP→dGTP。當(dāng)dGTP上升到一定濃度時(shí),促使底物ADP發(fā)生轉(zhuǎn)化,即ADP→dADP→dATP[6]。由此可以看出,人體細(xì)胞內(nèi)是不能用ATP為底物在核苷酸還原酶作用下直接還原為dATP作為DNA復(fù)制的原料。
主要參考文獻(xiàn)
[1]NELSONDL,COXMM.LehningerPrinciplesofBiochemistry.7thEdition.NewYork:W.H.Freeman,2017:1391,1392,1698.
[2]張麗萍,楊建雄.生物化學(xué)簡明教程.5版[M].北京:高等教育出版社,2015:179,180.
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[4]朱圣庚,徐長法.生物化學(xué):下冊(cè).4版[M].北京:高等教育出版社,2016:39,42,54,94,369.
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[6]楊榮武.生物化學(xué)原理.3版[M].北京:高等教育出版社,2018:312,449,454.
[7]蔣選榮,姜維萍.結(jié)合化學(xué)知識(shí)探討ATP水解放能的實(shí)質(zhì)[J].生物學(xué)通報(bào),2021,56(8):13.
作者:田東 單位:貴州師范大學(xué)附屬中學(xué)